La chiesa di Sesona, citata nel Liber Notitiae Sanctorum Mediolani della fine del sec. XIII, “In plebe soma. loco saxano. ecclesia sancti eusebii“, è di antica fondazione, oltretutto risulta essere la prima chiesa della pieve di Somma ad aver avuto un sacerdote residente e titolare del beneficio, tale prete Damiano de Portonis, citato in un testamento del 1332.

Alla visita pastorale di san Carlo Borromeo, avvenuta nel 1570, sant’Eusebio appare come una semplice cappella campestre a unica aula monoabsidata. Nelle successive visite del 1586 e del 1596 la chiesa è sempre ad unica navata, con l’altare nell’antica nicchia affrescata. Alla visita pastorale del cardinal Pozzobonelli, del 1750 troviamo il S. Eusebio in parte rinnovato rispetto ai secoli precedenti e più ampio, è sempre ad unica navata con tre altari e cappelle: la cappella maggiore, rivolta a oriente, e sulla destra due piccole cappelle con altari, dedicate una a san Carlo Borromeo e l’altra alla Beata Vergine del SS. Rosario, delimitate da colonnine marmoree. Non vi è nessuna descrizione degli altari, né il maggiore né quello della Madonna del Rosario ancor oggi esistenti.

L’altar maggiore, di ottima fattura, di fine Seicento-inizi Settecento, presenta diverse analogie con quello del S. Martino di Vergiate, opera dell’intagliatore varesino Bernardino Castelli e presumibilmente anche questo di Sesona è da attribuirgli; quello del Rosario, seicentesco, si impone, oltre per i lavori d’intaglio e la bella statua policroma della Madonna di metà Seicento, per i tondi attorno alla nicchia della Vergine, che rappresentano i 15 misteri del rosario: potrebbe essere l’antico altare della Madonna del Rosario che esisteva in S. Martino di Vergiate, poi ceduto alla parrocchia di Sesona quando si predispose il nuovo in marmi policromi.

A fine Ottocento, con l’arrivo del nuovo parroco don Paolo Riganti, anche per la chiesa di Sesona si sente la necessità di un radicale ampliamento. Si commissiona l’incarico all’ing. Carlo Porro di Somma Lombardo il quale progetta nel 1896 un ampliamento e prolungamento della chiesa esistente. La prima pietra viene posta da don Riganti il 6 aprile 1897: due anni dopo il nuovo edificio viene consacrato dall’arcivescovo cardinal Ferrari in visita pastorale il 14 gennaio 1899. La facciata ideata dal Porro, di cui resta il disegno, in stile neogotico, non venne realizzata.

Nel 1902 si chiede a don Enrico Locatelli, parroco di Vergiate, di predisporre una ipotesi per la facciata e il campanile, con un disegno più sobrio e semplice. Tra marzo e luglio del 1913 le opere sono completate e il 3 agosto di quell’anno, con solenne processione, vengono ufficialmente inaugurate. La nuova chiesa subì gravi danni dallo scoppio del polverificio di Vergiate del 1920, ai quali si pose rimedio con immediati interventi di sistemazione. Nel 1924, per la festa di sant’Eusebio vi fu l’inaugurazione del simulacro della B.V. del Rosario restaurata e abbellita.